L'atoll d'Aldabra, situé à 1 150 kilomètres au sud-ouest de Mahé, est le plus grand atoll de coraux surélevés du monde. Il comprend plus d'une douzaine d'îles bordant un lagon si vaste que Mahé pourrait s'intégrer à son périmètre. L’état exceptionnel et vierge d’Aldabra lui a valu la distinction d’être classé au patrimoine mondial de l’UNESCO, un des deux sites de ce type aux Seychelles.

Les îles de l’atoll abritent un vaste éventail de flore et de faune uniques, ainsi que la plus grande population du monde, qui compte 150 000 tortues géantes. Son lagon abrite la vie marine la plus dynamique de tout l’archipel. D’abord ayant reçu son nom par les marins Arabes, la rude atmosphère de l’atoll et les eaux rapides de son lagon ont généralement tenu à l'écart tous les explorateurs, à l'exception des plus intrépides. Mais il existe depuis 1874 une toute petite colonie permanente sur l'île, composée principalement de travailleurs sous contrat de Mahé qui se sont engagés à différentes époques dans la pêche, l'extraction du guano et la production de coprah destiné à la vente sur le continent. La Seychelles Island Foundation (SIF) supervise désormais l’île et des règles strictes régissant son accessibilité sont en vigueur pour protéger son écosystème fragile. Une petite station de recherche offre aux scientifiques accrédités la possibilité d'étudier la biodiversité de l'atoll, mais il n'y a pas d'hébergement hôtelier sur l'île. Les chartes de yacht sont disponibles, cependant.

Ile de l’Assomption

L’île de l’Assomption se situe à 1 140 kilomètres au sud-ouest de Mahé, à quelque 40 kilomètres à l’ouest au sud-ouest d’Aldabra et mesure près de 7 kilomètres de long sur 2,5 kilomètres de large. Il y a peu d'activité sur l'île, bien qu'une piste d'atterrissage ait été construite en 1990 et que des aéronefs de Mahé desservent l'île par charter, principalement pour les scientifiques en visite à Aldabra, la ville voisine. Assomption est un site de nidification pour les tortues et ses eaux environnantes, accessibles principalement par un yacht loué, sont excellentes pour la plongée.

Ile Astove

L'île Astove est située à 1 045 kilomètres au sud-ouest de Mahé et à 160 kilomètres au sud-ouest d'Aldabra. C’est l’un des maillons les plus méridionaux de la chaîne des îles des Seychelles. L'atoll est entouré d'un récif corallien et d'un lagon peu profond. Astove est un site de nidification de tortues et offre au plongeur expérimenté des possibilités de plongée extraordinaires le long des murs abruptes de son spectaculaire rempart de coraux. Astove possède également une piste d'atterrissage et est desservie par des avions de Mahé sur une base charter.

Atoll Cosmoledo

À environ 1 045 kilomètres au sud-ouest de Mahé et à 120 kilomètres d'Aldabra, l'atoll de Cosmoledo comprend un anneau de neuf îlots principaux entourant un lagon intérieur d'environ 16 kilomètres de long et 11 kilomètres de large au point le plus large. La mer autour de Cosmoledo est particulièrement riche en poissons tandis que l’atoll abrite de grandes colonies d’oiseaux, de sternes et de fous. Ce magnifique atoll est aussi un site de nidification pour les tortues vertes.